Le jeune ninja sûr de lui est parti en voyage pour acquérir de l'expérience de la vie, en suivant les conseils d'un sage professeur. Il avait déjà parcouru de nombreux kilomètres, vu beaucoup de choses et se trouvait souvent dans différentes situations dans lesquelles il devait utiliser ses compétences et ses capacités acquises au cours de ses études au monastère. Mais dans Cute Shinobi Escape, il se retrouve dans une situation dont il ne peut pas sortir tout seul et aura besoin de votre aide ; Le héros s'est tout simplement perdu, non pas dans la forêt, mais dans une vieille bâtisse. Votre tâche dans Cute Shinobi Escape est de trouver le héros et de le conduire au-delà des anciens bâtiments, puis hors de la forêt.