Les ninjas sont apparus dans le Japon médiéval et ont servi d'espions, d'éclaireurs et de saboteurs de reconnaissance. Ils portaient des vêtements sombres, se couvraient le visage et opéraient principalement la nuit, se déplaçant silencieusement et accomplissant les tâches qui leur étaient assignées. Tous les ninjas maîtrisaient l'art du ninjutsu. Essentiellement, les ninjas sont un type de guerrier utilisé dans des opérations spéciales, comme les forces spéciales japonaises. Le héros du jeu Ninja Speed Runner se voit également confier une mission secrète, il se déplace donc rapidement. Des Shurikens volent vers lui, d'où il doit esquiver et vous l'aiderez en forçant le héros à sauter ou à se baisser dans Ninja Speed Runner.