Un certain programme en la personne d'une créature très réelle, extérieurement semblable à une personne, veut quitter la matrice numérique, et la raison en est qu'elle va être détruite dans Matrix Escape. Le héros veut trouver la soi-disant porte dérobée et pour ce faire, il doit se déplacer très rapidement. La Matrice est déterminée ; elle va tenter de couper tous les chemins. Tout ce sur quoi vous pouvez compter disparaîtra en un clin d'œil, vous ne pourrez donc pas vous attarder même une fraction de seconde, mais avancer constamment, en sautant d'un bloc à l'autre. Vous aurez besoin de dextérité, d'agilité et de réaction rapide dans Matrix Escape.
