En enquêtant sur une autre affaire, le héros du jeu Mystery Subway Escape 2, le détective Michael, a découvert une entrée secrète dans des stations de métro abandonnées. Peu de gens les connaissent. Nous ne parlons pas de tunnels techniques, mais de stations qui étaient autrefois opérationnelles, mais qui, pour une raison ou une autre, se sont révélées fermées et non réclamées. Il restait là du matériel, des objets et des objets qui n'étaient pas jetés car ils pouvaient encore être utiles. C'est là que notre héros va chercher des preuves, puis une issue, puisque la porte par laquelle il est entré a été verrouillée par quelqu'un dans Mystery Subway Escape 2. Apparemment, ils le surveillaient et ont décidé de se débarrasser du détective méticuleux.
