Dans le monde du pixel a commencé la fin du monde. On ne sait pas d'où viennent les hordes de morts-vivants, qui attaquent maintenant les petites villes, tuent des gens et les transforment en des villes semblables. Mais il y avait des gens courageux dans le monde qui ont pris les armes pour défendre leurs colonies. Vous, dans le jeu Pixel Shot, en serez un. Votre personnage devra parcourir les rues de la ville et retrouver tous les zombies. Avec l'aide de ses puissantes armes, il leur tirera dessus pour détruire tous les monstres. En chemin, il devra rassembler divers objets qui l’aideront à lutter contre les morts-vivants.
