Dans le monde moderne, il existe de nombreux virus mortels qui causent la mort de diverses créatures vivantes. Aujourd'hui, dans Kill The Microbes, vous devrez combattre certaines de leurs espèces. Avant de vous sur l'écran, vous verrez plusieurs micro-organismes situés à différents endroits sur le terrain de jeu. Vous devrez en sélectionner un et cliquer dessus avec la souris. De cette façon, vous injectez le médicament et faites exploser la bactérie. Ses morceaux tombant dans d'autres micro-organismes les détruiront et vous recevrez des points pour cela.