Dans une petite ville fermée du sud de l'Amérique, vivaient des scientifiques qui menaient des expériences avec des armes biologiques. Une fois que le virus le plus dangereux s'est libéré et a détruit toute la population de la ville. Après la mort, les personnes décédées sont ressuscitées comme des morts-vivants. Dans le jeu Commander Secret Missions, vous servirez dans une unité des forces spéciales, qui a reçu l'ordre de débarrasser la ville des zombies. En face de vous sur l'écran, vous verrez votre personnage qui, les armes à la main, arpentera les rues de la ville. Regardez attentivement autour de vous. Les zombies vous attaqueront de tous côtés. Vous devrez garder une distance pour les attraper à la vue de votre arme et ouvrir le feu pour tuer. Les balles frappant des zombies les endommageront. Pour chaque zombie tué, vous recevrez des points.
