Sur l'une des planètes lointaines, les chercheurs ont découvert l'entrée de l'ancien labyrinthe. Dans Shy Eye Labyrinth: The Incredible Mystery, vous devrez vous infiltrer et explorer. Le labyrinthe lui-même se compose de plusieurs niveaux. Vous commencerez votre voyage dès le début. Pour accéder au deuxième étage du labyrinthe, vous devrez trouver une clé qui sera cachée quelque part dans le donjon. Vous devrez traverser le donjon et tout examiner attentivement. Sur votre chemin, vous rencontrerez différents types de pièges que vous devrez contourner. Si vous tombez dans le piège, vous périrez et échouerez à votre mission.