Une guerre a éclaté entre votre pays et un État voisin. Dans le jeu Atari Missile Command, vous commanderez la défense de la base militaire où vous servez. En face de vous sur l'écran, vous verrez les bâtiments de votre base et des fusées installées partout. L'ennemi a tiré une masse de roquettes sur votre base, que vous verrez apparaître dans le ciel. Vous devrez tous les abattre et les empêcher de tomber sur le territoire de la base. Pour ce faire, à l'aide de la souris, vous définissez le viseur de vos installations à l'aide de croix bleues. Ouvrez le feu lorsque vous êtes prêt. Si votre vue est précise, vous abattrez des missiles ennemis et obtenez des points pour cela. Après en avoir accumulé un certain nombre, vous améliorez vos installations et vos munitions.
