Il y a suffisamment de méchants à Gotham, et dès que Batman parvient à en gérer un, un nouveau, plus inventif et dangereux apparaît. Cette fois dans Batman Color Fall, un génie inconnu a émergé et a décidé de détruire la rivière qui traverse la ville. Il a l'intention de jeter des tonnes de liquide multicolore toxique dans l'eau, ce qui tuera tous les êtres vivants, et un marécage fétide apparaîtra à la place de la rivière. Le liquide toxique a déjà été versé dans des citernes situées à différents endroits au-dessus de la rivière. Batman a réussi à trouver ce génie et à s'occuper de lui, mais il doit maintenant drainer le liquide coloré et l'emmener le plus loin possible de la ville. Conduisez les bateaux et vidangez les solutions en ouvrant les amortisseurs nécessaires. La couleur du liquide doit correspondre à la couleur du bateau dans Batman Color Fall.