Un brave garçon ninja doit remettre un rapport au chef de son ordre aujourd'hui. Notre héros devra vaincre une forêt sombre dans laquelle se trouvent divers types de monstres. Vous, dans le jeu Ninja Boy Ultimate Edition, l'aiderez dans cette tâche. Devant vous sur l'écran, vous verrez votre personnage, qui, prenant progressivement de la vitesse, courra le long du chemin. Divers obstacles et pièges apparaîtront sur son chemin. En contrôlant intelligemment le personnage, vous pouvez le faire sauter par-dessus tous en courant. Après avoir rencontré des monstres, vous pouvez les détruire en leur lançant des shurikens ou en frappant des coups avec votre fidèle épée. Collectez divers objets et pièces éparpillés un peu partout sur le chemin. Pour les objets que vous récupérez, vous recevrez des points dans Ninja Boy Ultimate Edition.