Un brave ninja nommé Kyoto doit grimper sur le toit d'un grand immeuble. Vous dans le jeu Ninja Up aidera le personnage dans cette aventure. Devant vous, votre ninja debout au sol sera visible à l'écran. Au signal, votre personnage commencera à sauter à une certaine hauteur. Vous devrez tracer une ligne sous le ninja avec la souris. Dès que vous le dessinez, une corde en caoutchouc spéciale apparaît. Votre héros, étant tombé dessus, fera un saut et s'envolera. Ainsi en tirant ces cordes dans le jeu Ninja Up, vous aiderez petit à petit le héros à grimper sur le toit de l'immeuble. En même temps, en cours de route, vous devrez aider le ninja à collecter des objets qui seront suspendus dans les airs à divers endroits du terrain de jeu. Pour leur sélection dans le jeu Ninja Up vous donnera des points.