Un gars nommé Tom a hérité d'une petite usine en déclin. Notre héros a décidé de commencer à le développer. Dans le jeu Mega Factory, vous l'aiderez dans cette tâche. Votre personnage sera visible sur l'écran devant vous, qui se situera dans l'un des locaux de l'usine. La première chose que vous devrez faire est de le parcourir et de tout examiner attentivement. Vous devrez collecter des pièces d’or éparpillées sur le sol de la pièce. Ensuite, vous mettrez en service les équipements de l’usine. Elle commencera à fabriquer des produits que vous devrez emballer. Vous chargerez ensuite le produit sur un camion qui le livrera aux clients. Pour cela, vous recevrez de l'argent. Vous pouvez les dépenser pour acheter de nouveaux équipements pour l'usine, des matières premières pour le travail et embaucher des employés. Ainsi, progressivement dans le jeu Mega Factory, vous organiserez le travail de l'usine.