Le gardien du zoo s'est levé le matin et a commencé la visite traditionnelle des animaux et a été étonné par ce qu'il a vu - tous les animaux et les oiseaux avaient disparu. En désespoir de cause, il s'est précipité pour chercher, mais il ne sait pas où chercher, alors il est juste allé de l'avant dans Timekeepers. En chemin, il a rencontré une personne étrange qui s'est présentée comme le Dr Lunasi. Il s'avère qu'il est le méchant qui a kidnappé tous les animaux. Vous voyez, il a mis en place une expérience, testant sa nouvelle machine à voyager dans le temps, et le faisceau envoyé directement dans les zoos, tous ses habitants ont été transportés dans un monde parallèle. Le méchant invite le gardien à s'y rendre et à sauver ses animaux, et vous l'aiderez dans Timekeepers.
