Dans la deuxième partie du jeu Vega Mix 2 : Mystery Of Island, vous, avec un groupe de scientifiques, continuerez à explorer l'île mystérieuse qu'ils ont découverte. En vous promenant sur l'île, vous devrez résoudre diverses énigmes de la catégorie des trois à la suite. Devant vous sur l'écran, vous verrez le terrain de jeu, qui sera divisé en cellules à l'intérieur. Tous seront remplis de divers objets. Votre tâche consiste à tout examiner attentivement et à trouver les objets identiques qui se trouvent à proximité. Parmi ceux-ci, en déplaçant un objet d'une cellule dans n'importe quelle direction, vous devrez configurer une rangée d'au moins trois objets. Ainsi, vous prendrez ces objets sur le terrain de jeu et pour cela, vous recevrez des points dans le jeu Vega Mix 2 : Mystery Of Island.