Le ninja venait de rentrer d'une randonnée et a décidé de visiter son monastère natal, où il a étudié, ainsi que son professeur préféré, qui lui a transmis une énorme quantité de connaissances et lui a appris à contrôler son corps et son esprit. Il trouva les moines découragés et très frustrés. La veille, les samouraïs rouges ont attaqué le monastère et volé une collection de pierres anciennes avec des runes. Ce sont des pierres sacrées conservées dans le monastère depuis des siècles. Notre héros a juré de restituer tout ce qui a été volé et s'est immédiatement mis en route. Aidez le héros de Ninja Run à remplir sa mission sacrée. Le ninja courra et vous l'aiderez à sauter par-dessus les obstacles et les ennemis à temps, en collectant des pierres.
