Pokémon revient périodiquement dans les espaces de jeu et le jeu Monster Squad Rush 3D en est l'un des exemples réussis. Votre tâche est de gérer un coach qui doit recruter une solide équipe de petits monstres. Pour ce faire, vous devez collecter des boules Pokémon - Pokeballs. Ils ont été dispersés à l'avance pour attraper des monstres et sont déjà remplis. Il est conseillé de ne pas rater un seul ballon, afin qu'à la fin votre équipe soit plus forte que l'équipe adverse, qui attend déjà de s'engager dans un duel. C'est à vous de vous assurer que votre équipe est reconstituée, et pour ce faire, vous devez collecter des balles et éviter adroitement les obstacles dans Monster Squad Rush 3D.