Sonic a l'opportunité d'affronter son vieil ennemi Knuckles. Le hérisson bleu a reçu des informations inattendues sur la localisation de son adversaire et compte s'y rendre. Avec leur ami et assistant Tails, les héros se rendront sur l'île en avion. Après l'atterrissage, ils rencontreront Knuckles, mais il disparaîtra rapidement. Vous devez aider Sonic et son ami à chasser le méchant. Il a placé de nombreux pièges sur l'île pour que personne ne puisse le rattraper, mais Sonic ne peut pas être arrêté et vous contrôlerez strictement les mouvements du héros, l'empêchant de se heurter à des pointes acérées. Collectionnez les bagues, elles seront toujours utiles au héros de Sonic 3 & Knuckles.