De nombreux puzzles nécessitent un minimum de réflexion logique et une certaine stratégie, et Color Dot Link Brain Puzzle ne fait pas exception. Le but est de relier tous les carrés multicolores entre eux, en remplissant le champ de lignes. Vous pouvez relier des carrés de la même couleur. Les lignes ne doivent pas se croiser et il ne doit y avoir aucun espace vide sur le terrain. Le jeu Color Dot Link Brain Puzzle propose sept modes de difficulté qui diffèrent par la taille du champ. Pour terminer le mode, vous devez collecter un certain nombre d'étoiles. La somme des étoiles est égale au nombre de niveaux terminés dans Color Dot Link Brain Puzzle.