Loin dans l'espace, dans l'orbite de l'une des planètes, se trouvait un vaisseau spatial sur lequel se trouvait un laboratoire dans lequel des expériences étaient effectuées sur divers animaux. Ils ont été injectés avec de l'ADN étranger et ont regardé comme ils ont changé. Comme avec la base, la connexion a disparu et les soldats ont été envoyés là du Star Assault. Nous serons l'un d'eux dans le jeu Attack on the Mothership. Notre personnage est armé d'une munition standard. Sa tâche est de pénétrer le navire et de découvrir ce qui s'est passé là-bas. Comme il s'est avéré que tout l'équipage s'est transformé en monstres et maintenant vous devez entrer dans la bataille avec eux. En utilisant vos armes, vous devez rapidement et efficacement détruire tous les monstres que vous rencontrerez sur le pont du navire.