Dans le jeu Jump Box Ninja, nous allons entrer dans le monde où les gens de la boîte vivent. Même dans ce monde il y a une caste de guerriers ninjas, nous ferons connaissance avec l'un d'entre eux. Ce guerrier va aujourd'hui passer par un parcours d'obstacles mortel pour devenir un maître des arts martiaux. Vous verrez votre héros sur l'écran. De différents côtés vont sauter des lances pointues qui, lorsqu'elles sont frappées dans notre personnage, le tuent. Vous devrez deviner le moment et faire sauter le personnage. Ainsi, il survolera des territoires dangereux et vous passerez à autre chose.