Un matin, les habitants de la ville de Metropolis ont vu comment une multitude de vaisseaux spatiaux sont descendus du ciel et sont apparus. Ils ont immédiatement ouvert le feu sur des civils et ont commencé à les rechercher. Le héros courageux qui a toujours défendu la ville doit à nouveau se battre. Nous sommes dans le jeu Superman: Theme is Aliens aidera Superman à défendre sa ville et à détruire ses adversaires. Notre héros devra être guidé par le radar qui lui dira où se trouvent les soldats étrangers. Après cela, vous devrez attaquer l'ennemi. Vous pouvez les tuer avec des coups de poing ou utiliser les super capacités de votre héros.