Un jeune garçon Kyoto a rejoint l'ordre secret des guerriers ninja. Il a été envoyé dans les montagnes dans un temple spécial où se trouve l'Académie, où toutes les guerres qui commencent sont entraînées. Aujourd'hui, notre héros a une séance d'entraînement et vous l'aiderez à le diriger dans le jeu Ninja Academy. En face de vous sur l'écran, vous verrez votre personnage, qui se tient dans la cour du temple. Un panneau spécial avec des touches de contrôle sera situé en dessous. Avec son aide, vous dirigerez les actions de votre héros. Des objets apparaîtront devant lui de différents côtés. Vous conduisez le héros devra lui infliger des coups précis à l'aide des mains ou des pieds. Chaque coup précis de votre part vous rapportera un certain nombre de points. Après avoir pratiqué les coups, vous passerez à l'élaboration de diverses techniques.