L'apocalypse peut se produire pour diverses raisons. Dans le jeu Apocalypse Run, vous aiderez le héros qui était au centre de l'apocalypse apparue à la suite du soulèvement des machines. L'intelligence artificielle, dont l'apparition était si attendue et si admirée pour son développement rapide, a décidé que désormais elle n'avait plus besoin de personnes. De plus, ils sont même nuisibles, car ils font tout de travers, se comportent souvent de manière irrationnelle, détruisent l'environnement et tuent les leurs. Une forte conviction s'est formée dans l'esprit de la machine que l'homme est le principal mal sur la planète et doit être détruit. Ainsi commença la destruction systématique de l'humanité, et le héros d'Apocalypse Run veut éviter cela et vous l'aiderez à combattre les robots.