Le héros du jeu Subway Runner 3D a raté le dernier train du métro et a décidé de rentrer chez lui à pied, mais en empruntant le métro, sans remonter à la surface. Un policier de service l'a remarqué et veut l'arrêter, car il est strictement interdit de circuler dans le métro, même après que les trains ne circulent plus. Mais cela n’a pas arrêté notre héros ; il accéléra et courut pour se débarrasser de la poursuite du policier. Aidez-le à éviter les obstacles, à sauter par-dessus ou à ramper sous eux. Collecter des pièces et courir deviendra rentable pour le héros dans Subway Runner 3D.
