Merge Train Last Rail se déroule à bord d'un train mystérieux qui s'est arrêté quelque part dans un monde alternatif. Pour reprendre le mouvement, vous avez besoin d'une clé spéciale, mais en plus de cela, vous devrez réparer certains composants et mécanismes, et pour cela vous aurez besoin d'outils et de diverses pièces. Vous pouvez obtenir tout cela sur un terrain de jeu spécial en utilisant l'option de fusion. Combinez deux objets identiques pour en obtenir un nouveau, complétez les commandes des passagers et débloquez tous les objets sur le terrain dans Merge Train Last Rail.