Dans la deuxième partie du jeu Counter Craft 2, vous continuerez à participer aux hostilités entre diverses factions qui se déroulent dans le monde Minecraft. Au début du jeu, vous vous retrouverez à l'emplacement de départ où vous pourrez choisir une arme à votre goût. Après cela, vous serez transporté vers un endroit spécifique. Vous devrez maîtriser habilement le personnage et avancer secrètement. Pour ce faire, utilisez les caractéristiques du relief, des bâtiments et divers objets disséminés un peu partout. Dès que vous remarquez l'ennemi, pointez votre arme sur lui et, après avoir attrapé la vue, ouvrez le feu pour tuer. En tirant avec précision, vous détruirez l'ennemi et obtiendrez des points pour lui. Après la mort de l'ennemi, vous devrez récupérer les trophées qui lui tomberont.
