Un monde de ninjas dangereux et aventureux vous attend. Le héros que vous contrôlerez est surnommé Ninja Ghost pour sa capacité à apparaître et disparaître tel un fantôme. Le héros n'a pas de capacités surnaturelles, mais il peut se déplacer rapidement, sauter haut, s'accrocher aux murs, renverser l'ennemi et le frapper avec son épée. Ce sont ces capacités que vous utiliserez en parcourant les niveaux pour détruire tous les terroristes qui ont capturé le bâtiment. Les ennemis sont armés d'armes légères qui peuvent frapper à distance, mais pendant que la balle vole, le héros pourra sauter sur le côté et attaquer un ennemi qui ne s'y attendait pas du tout dans Ninja Ghost.