Le jeu AtomLinker peut être court ou durer indéfiniment. Tout dépend de votre attention et de votre dextérité. Le terrain de jeu est rempli de carrés avec les noms d'éléments chimiques. Connectez-les en chaînes de trois ou plus identiques. Initialement, vous recevrez vingt-cinq secondes de temps pour jouer, mais si vous parvenez à créer des chaînes de quatre éléments ou plus, du temps sera ajouté. Ne quittez pas le terrain de jeu des yeux pour ne pas rater la prochaine chaîne. Après avoir supprimé des éléments, la disposition des tuiles changera dans AtomLinker.