Le puzzle de flèches a été légèrement modifié dans Flower Arrow Puzzle, bien que les règles n'aient pas changé. Les flèches ont remplacé les capitules multicolores et deviendront des guides dans ce jeu. En cliquant sur la flèche, elle commencera à se déplacer dans la direction indiquée par la fleur. S’il y a une autre flèche sur le chemin, il y aura une collision et vous perdrez le cœur. Il y en a trois au total. À chaque niveau, un nombre croissant de flèches apparaîtront sur le terrain, elles s'entrelacent les unes avec les autres, ce qui rend la tâche dans Flower Arrow Puzzle plus difficile.
